专户理财与共同基金最本质的区别在于专户理财的客户直接拥有相应证券组合的控制权，并具体体现在五个方面。http://www.hibor.com.cn【慧博投研资讯】在我国现有基础市场条件下，控制权优势较难体现。http://www.hibor.com.cn（慧博投研资讯）
        专户理财的控制权利益并不是免费获得的，其支付的对价是相应上升的风险，包括由于非充分分散投资所带来的非系统性风险和相对封闭运作所带来的流动性风险两方面。
        专户理财将享受管理费优惠的利益，但同时也将承受业绩报酬对最终收益的扣减，后者的影响似乎更大。
        专户理财在税收待遇的好处主要体现在两方面：  “税收盈亏收割”（taxgain/loss  harvesting）和“内嵌资本利得”（embedded  capital  gain）。由于我国在基金投资所得税方面的特殊税收优惠政策，专户理财反而处在不利的位置。
        假设1年期共同基金费用后投资收益为20%，那么考虑专户理财20%业绩报酬和明年25%的企业所得税，专户理财的费用后投资收益必须达到33%才能实现均衡，即使将业绩报酬降至10%，均衡收益率也必须达到30%，长期角度看，专户理财相对共同基金保持这么高的超额收益似乎不太现实。
        我国目前近三万亿左右的股票和混合型基金中大约有3000亿左右是机构资金，专户理财业务开通后，这其中将有部分达准入门槛之上的机构转投其中，也可能会有部分机构汇集目前相对分散的投资以达到准入标准。此外，当前非基金投资人中也将会有部分资金选择专户理财。而从国际市场发展情况看，专户理财与共同基金几乎同步发展。目前美国专户理财的总规模超过一万亿美元，大概是共同基金的1/10，是股票型基金的1/5。
        总体而言，专户理财与共同基金是风险与收益相对平衡的两种理财工具，从控制权利益与对应风险、费率水平和税收待遇的分析看来都是如此。假使没有非市场因素的影响，例如基金经理选用、研究资源共享、公平交易等问题，那么专户理财不应该享有相对共同基金的显著超额收益。